Ada beberapa tahapan yang harus dijalani sebelum puskesmas dapat diterapkan menjadi BLUD sebagaimana diatur pada Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 79 Tahun 2018 tentang Badan Layanan Umum Daerah. Dengan menerapkan puskesmas sebagai BLUD maka dana PNBP bisa langsung digunakan termasuk dari BPJS tanpa harus disetorkan dahulu ke Kas daerah. Puskesmas dapat menyusun anggaran secara fleksibel dan mandiri untuk kemudian dikonsolidasikan ke Rencana Kegiatan dan Anggaran (RKA) SKPD. Selain itu dengan menerapkan menjadi BLUD dapat menerapkan pengelolaan belanja dan pengelolaan barang secara mandiri. BLUD juga dapat melakukan utang piutang, kerja sama, investasi dengan pihak lain sepanjang memberi manfaat bagi BLUD. Pasal 209 ayat (1) Peraturan Pemerintah Nomor 12 Tahun 2019 tentang Pengelolaan Keuangan Daerah mengatur bahwa seluruh pendapatan BLUD dapat digunakan langsung untuk membiayai belanja BLUD yang bersangkutan.
Permasalahan yang dibahas dalam tulisan hukum ini adalah: